В течение 25 лет своей деятельности, основным заказчиком работ выступало Министерство образования и науки Российской Федерации, основными направлениями работы были – мониторинг и сопровождение крупных государственных программ и проектов: Приоритетный проект «Образование», Президентская программа повышения квалификации инженерных кадров, Государственная программа развития образования, Развитие сети национальных исследовательских университетов, Развитие сети региональных опорных университетов, Модернизация региональных систем профессионального образования и др. НФПК участвует в разработке и сопровождении крупных проектов, реализуемых не только Министерством науки и высшего образования РФ и Министерством просвещения РФ, но и реализует проекты по заказам Российского научного фонда, ООО «РЖД», АО «РОСНАНО», благотворительного фонда В. Потанина, образовательных организаций и регионов Российской Федерации (фонд также реализует проекты по развитию добровольчества, волонтерства и других проектов социальной направленности). Фонд реализует широкий спектр программ повышения квалификации. Программы нацелены на передачу опыта и знаний экспертов-практиков в разных образовательных областях, таких как: «Система управления проектами в университете», «Развитие инновационно-предпринимательской экосистемы университета», «Требования индустрии: как стать привлекательным партнером для бизнеса», «Продвижение Российского образования на международном рынке образовательных услуг», «Требования индустрии: как стать привлекательным партнером для бизнеса?», «Развитие инновационной и предпринимательской деятельности в организация СПО», «Цифровая трансформация вуза» и т.д.
Основные направления деятельности НФПК: